"源泉徴収(げんせんちょうしゅう)(Thuế khấu trừ tại nguồn)" là hệ thống mà thuế, như 所得税(Thuế thu nhập cá nhân),住民税(Thuế cư trú), và các khoản đóng góp 社会保険(Bảo hiểm xã hội), được người chi trả (thường là nhà tuyển dụng) 控除(Khấu trừ) ngay từ nguồn khi trả lương hoặc thù lao, và nộp thay cho người nhận đến cơ quan thuế hoặc các cơ quan liên quan.

Hệ thống này được áp dụng nhằm đơn giản hóa quá trình nộp thuế cho người nộp thuế và đảm bảo thu nhập ổn định cho ngân sách nhà nước. Nó chủ yếu áp dụng cho nhân viên hưởng lương và nhân viên パートタイム(Công việc bán thời gian), nhưng cũng có thể áp dụng cho các hình thức thu nhập khác như tiền thưởng, trợ cấp thôi việc và lãi suất.

Cụ thể, khi một công ty trả lương cho nhân viên, công ty sẽ tính toán thuế thu nhập và các khoản đóng bảo hiểm xã hội, sau đó khấu trừ số tiền này từ khoản tiền lương. Công ty sau đó nộp các khoản thuế và bảo hiểm đã khấu trừ này cho cơ quan thuế hoặc các cơ quan bảo hiểm.

Hệ thống 源泉徴収(Thuế khấu trừ tại nguồn) được tính toán dựa trên các yếu tố như thu nhập hàng năm và cấu trúc gia đình. Tuy nhiên, các điều chỉnh thường được thực hiện thông qua quá trình quyết toán cuối năm, nơi mà các chênh lệch giữa số tiền thuế cần phải nộp trong suốt năm và số tiền thực tế đã nộp sẽ được điều chỉnh.